El 23 de enero de 1641 Luis XIII de Francia es proclamado conde de Barcelona por el Consejo de Ciento en protección ante Castilla por la Guerra de los Segadores.

Pau Claris, al frente de la Generalidad de Cataluña impulsó la decisión de poner el territorio catalán bajo la protección y soberanía francesa. Pero la revuelta también escapó a este primer y efímero control de la oligarquía catalana. La sublevación derivó en una revuelta de empobrecidos campesinos contra la nobleza y los ricos de las ciudades que también fueron atacados. La oligarquía catalana se encontró en medio de una auténtica revolución social entre la autoridad del rey y el radicalismo de sus súbditos más pobres.
Conscientes de su incapacidad de reducir la revuelta, los gobernantes catalanes se aliaron con el enemigo de Felipe IV: Luis XIII (pacto de Ceret). Richelieu no perdió una oportunidad tan buena para debilitar a la corona española. Olivares comienza a preparar un ejército para recuperar Cataluña con grandes dificultades ese mismo año de 1640 y, en septiembre, la Diputación catalana pide a Francia apoyo armamentístico.
En octubre de 1640 se permitió a los navíos franceses usar los puertos catalanes y Cataluña accedió a pagar un ejército francés inicial de tres mil hombres que Francia enviaría al condado. En noviembre, un ejército de unos veinte mil soldados recuperó Tortosa para Felipe IV, en su camino hacia Barcelona; dicho ejército provocó sobre los prisioneros unos abusos que determinaron a los catalanes a oponer una mayor resistencia. Cuando el ejército del marqués de los Vélez se acercaba a Barcelona, estalló una revuelta popular el 24 de diciembre, con una intensidad superior a la del Corpus, por lo que Claris tuvo que decidirse por una salida sin retorno, que tampoco era la deseable: pactar la alianza con Francia en contra de Felipe IV.
El 16 de enero de 1641, la Junta de Brazos (Las Cortes sin el rey) aceptaron la propuesta de Claris de poner a Cataluña bajo protección del rey de Francia en un gobierno republicano, y el Consejo de Ciento lo hizo al día siguiente. Pero en esta situación, la república catalana fue tan solo una solución transitoria para forzar un acuerdo con el gobierno de Madrid ante la amenaza de intervención francesa. Sin embargo, el enviado plenipotenciario del rey de Francia Bernard Du Plessis-Besançon logró influir en las autoridades catalanas en el sentido de que la implicación e intervención francesa solo podía realizarse si era reconocido como soberano el rey francés. Así pues, el 23 de enero Pau Claris transmitió esta proposición a la Junta de Brazos, que fue aceptada, el Consejo de Ciento lo hizo al día siguiente, y el rey de Francia Luis XIII pasó a ser el nuevo conde de Barcelona. Tanto la Junta de Brazos como el Consejo de Ciento acordaron establecer una Junta de Guerra, que no fuera responsable ante ambos organismos y presidida por el conseller en cap Joan Pere Fontanella.21​22​23​ Días después, el 26 de enero, un ejército franco-catalán defendió Barcelona con éxito. El ejército de Felipe IV se retiró y no volvería hasta diez años más tarde. Poco tiempo después de esta defensa victoriosa moriría Pau Claris.
Cataluña se encontró siendo el campo de batalla de la guerra entre Francia y España e, irónicamente, los catalanes padecieron la situación que durante tantas décadas habían intentado evitar: sufragar el pago de un ejército y ceder parcialmente su administración a un poder extranjero, en este caso el francés. La política francesa respecto a Cataluña estaba dominada por la táctica militar y el propósito de atacar Aragón y Valencia.

Tratado de los Pirineos.
Luis XIII nombró entonces un virrey francés y llenó la administración catalana de conocidos profranceses. El coste del ejército francés para Cataluña era cada vez mayor, y mostrándose cada vez más como un ejército de ocupación. Mercaderes franceses comenzaron a competir con los locales, favorecidos aquellos por el gobierno francés, que convirtió a Cataluña en un nuevo mercado para Francia. Todo esto, junto a la situación de guerra, la consecuente inflación, plagas y enfermedades llevó a un descontento que iría a más en la población, consciente de que su situación había empeorado con Luis XIII respecto a la que soportaban con Felipe IV.
En 1643, el ejército francés de Luis XIII conquista el Rosellón, Monzón (en Aragón) y Lérida. Un año después Felipe IV recupera Monzón y Lérida, donde el rey juró obediencia a las leyes catalanas. En 1648, con el Tratado de Westfalia y la retirada de la guerra de sus aliados, los Países Bajos, Francia comienza a perder interés por Cataluña. Conocedor del descontento de la población catalana por la ocupación francesa, Felipe IV considera que es el momento de atacar y en 1651 un ejército dirigido por Juan José de Austria comienza un asedio a Barcelona. El ejército francocatalán de Barcelona se rinde en 1652 y se reconoce a Felipe IV como soberano y a Juan José de Austria como virrey en Cataluña, si bien Francia conserva el control del Rosellón. Felipe IV por su parte firmó obediencia a las leyes catalanas. Esto da paso a la firma del Tratado de los Pirineos en 1659.
Esta inestabilidad interna y su resultado final fue dañino para España, pero mucho más para Cataluña. Por otra parte, Francia aprovechó la oportunidad para explotar una situación que le rindió grandes beneficios a un coste prácticamente nulo.
Como resultado final, Francia tomó posesión definitiva del principal territorio transpirenaico de España.